La direction est chargée, dans le cadre du mandat de prestations et du budget, d'assumer l'ensemble des tâches de gestion opérationnelle du CSFO. Elle représente le CSFO à l'extérieur et est notamment responsable de l'embauche du personnel, de la création et de la dissolution des groupes de travail ainsi que de l'attribution des mandats d'expertise.
Un conseil de direction, composé des responsables des différentes unités, soutient la conduite du CSFO.
En dernier ressort, le directeur est responsable de la gestion du CSFO.
Jean-Paul Jacquod, Directeur
Chester Romanutti, Directeur adjoint
Dino Dragic-Dubois, Assistant