Das SDBB ist als Institution der Schweizerischen Konferenz der kantonalen Erziehungsdirektoren EDK organisiert. Das EDK-Plenum erlässt das Statut, genehmigt die Jahresrechnung, den Jahresbericht sowie das Budget und legt die Kantonsbeiträge zur Finanzierung fest.
Der EDK-Vorstand erteilt den Leistungsauftrag und bestellt den Aufsichtsrat.
Die zentralen Organe des SDBB sind:
Die Dienstleistungsbereiche des SDBB werden von vier Abteilungen geleitet:
